广州呼吸疾病研究所（简称呼研所）始建于 1979 年，位于美丽的珠江岸边，是国内成立最早的呼吸疾病研究所。秉承改革开放的时代浪潮，在广东省科技厅、卫生厅、广州医学院等上级部门的支持和帮助下，始终坚持专注于呼吸疾病的研究，坚持基础与临床的紧密结合，锐意进取，逐步发展成为一所集科研、医疗和人才培养于一体的呼吸病学专业基地，是国家重点学科、广东省呼吸疾病重点实验室的依托单位，设有内科学博士后工作站。
研究所学科梯队合理，力量雄厚，有中国工程院院士 1 人、正教授级 18 人，副教授级 22 人，中级职称 31 人。有国家级突出贡献专家 3 人，省级突出贡献专家 1 人，市级优秀专家 5 人，享受政府特殊津贴专家 4 人。有博士研究生导师 11 名，硕士研究生导师 22 名。
研究所拥有先进的科研、教学、医疗设施和仪器设备，总值超过 5000 万元，拥有独立的基础实验室，面积达 3000 平方米，主要研究方向为突发性呼吸系统传染病、哮喘与慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病（COPD）、肺癌四个领域。在长期的研究中，逐步形成了哮喘、COPD、重症监护、肺炎、慢性咳嗽、微创胸外科手术、肺移植手术等临床诊疗特色，处于国内先进水平。
在 2003 年抗击 SARS 战斗中，全所在钟南山院士的带领下，较早确立了广东 SARS 的病原，总结了“三早三合理”的防治措施，牵头制定了相关指南；率先提出“将危重 SARS 患者集中到有良好救治条件的地方”战略，并主动承担救治广东省危重 SARS 病人的任务，取得高治愈率、低死亡率的成绩；率先倡导国际间科学协作，积极组织和推进全国大协作，发挥了重要的学术辐射作用，成为抗击 SARS 战场的“中流砥柱”。因工作突出，受到了党中央、国务院和社会各界的高度赞扬，被授予“全国五一劳动奖状”、“全国先进基层党组织”等荣誉称号。
2005 年，研究所与中科院广州生物医药与健康研究院在流感 / 禽流感、肺癌、哮喘等项目合作的基础上，基于双方对临床与基础融合带来的学科交叉所产生优势互补，以及产学研一体化发展前景的共同认可，成立联合实验室，以期探索一条具有中国特色的“基础医学与临床医学有机融合”的临床学科重点实验室发展道路。
